Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie aktywnie uczestniczy w sektorze grantowym, zarówno w inicjatywach finansowanych ze środków krajowych (Narodowa Agencja Wymiany Akademickiej, Narodowe Centrum Nauki, Narodowe Centrum Badań i Rozwoju oraz konkursach resortowych Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Ministerstwa Sztuki i Kultury, Ministerstwa Spraw Zagranicznych) jak i programach finanosowanych ze środków zewnętrznych - głównie z funduszy unijnych, w ramach programu Erasmus+, CEEPUS oraz Fulbright.